Wat ga je doen

Als Linux engineer draag je de verantwoordelijkheid over de compute infrastructuur die de patiŽnten diagnostiek binnen de sectie genoom analyse in de afdeling Klinische Genetica mogelijk maakt. In samenwerking met externe leveranciers en de ICT afdeling van het Amsterdam UMC draag je zorg voor het beheer en onderhoud van ons lokale high performance compute cluster en de cloud infrastructuur. Daarnaast draag je met het team de verantwoordelijkheid over de werking van bioinformatica pipelines die de ruwe NGS data analyseren tot een diagnose voor de patiŽnt.

Wat we van je verwachten

Wij zijn op zoek naar een gedreven Linux engineer die in staat is zelfstandig te werken binnen zijn of haar discipline. Als Linux engineer is het belangrijk dat jij naast technische knowhow ook beschikt over goede communicatieve vaardigheden. Deze vaardigheden zijn van belang binnen een multidisciplinair veld waarbij kennis vanuit verschillende disciplines samen komen om tot de optimale diagnose te komen voor de patiŽnt. Naast de samenwerking tussen de verschillende disciplines werk jij nauw samen met de afdeling ICT.

Je brengt de volgende kwaliteiten met je mee:

  • Een MSc of BSc in (bio)informatica, technische informatica of gerelateerde richting;
  • Bekend met Cluster Management Systemen (Bright, Trinity-X);
  • Bekwaam in UNIX / Linux system administration (Redhat/CenOS, Apache, LDAP);
  • Bekwaam met High Performance Computing en cloud computing;
  • Bekend met clustered file systems (Beegfs, GPFS);
  • Bekwaam met job scheduling systems (SLURM);
  • Bekwaam in scripting taal (Python / Bash / PERL);
  • Bekwaam met pipeline frameworks (Nextflow / SnakeMake / Cromwell);
  • Bekwaam met version control systems (git);
  • Kennis van kwaliteitssystemen en certificering.
Waar ga je werken

Je bent onderdeel van het bioinformatica team dat is ingebed in de sectie Genoomanalyse van de afdeling Klinische Genetica. De werkzaamheden worden zowel uitgevoerd op locatie VUmc als AMC, waarbij het zwaartepunt bij locatie VUmc zal liggen. Onze hoofdtaak bestaat uit het analyseren en verwerken van grote hoeveelheden genomics data ten behoeve van directe patiŽntendiagnostiek. Het team bestaat uit data analisten (bioinformatici), datamanagers, software- en Linux engineers en is verantwoordelijk voor informatiesystemen, datasystemen en analyse pipelines van het lab.

Dit lab beschikt over geautomatiseerde liquid handling systemen van ondermeer Qiagen, Beckman Coulter en Hamilton. Voor het sequencen beschikken we momenteel over apparatuur van Illumina (HiSeq 4000, NextSeq, MiSeq) en Thermo Fischer (Ion S5XL, IonTorrent). Het bioinformatica team beschikt over een eigen 256 core HPC cluster om de grote hoeveelheid data te verwerken. Met deze middelen zijn we in staat om snel en efficiŽnt meer dan 800 bloed samples per week te verwerken voor de Niet Invasieve Prenatale Test (NIPT). Daarnaast verwerken we wekelijks zowel kleine targeted (amplicon) panels als grotere Whole Exome en Whole Genome Sequencing onderzoeken en werken we veelvuldig samen met onderzoeksgroepen aan Liquid Biopsies, CRISPR/CAS technieken en (single cell) RNAseq toepassingen.

Ons team is een groeiend jong gezelschap en gedreven om het verschil te kunnen maken in de genoomdiagnostiek, die in toenemende mate afhankelijkheid is van complexe data analyse. De inbedding in het laboratorium en de setting van een academisch medisch centrum biedt daarvoor, met de kennis en contacten, een ideale omgeving.

Wat we je bieden

Salarisschaal 8: 2688 tot 3604 euro bruto bij een fulltime dienstverband (afhankelijk van opleiding en ervaring).

Afhankelijk van opleiding en ervaring is inschaling in salarisschaal 9 bespreekbaar (2961 tot 4078 euro bruto bij een fulltime dienstverband).

  • Naast een goed basissalaris bieden we onder andere 8,3% eindejaarsuitkering en 8% vakantietoeslag. Wil jij weten wat je gaat verdienen? Bereken dan hier jouw netto salaris (onder voorbehoud).
  • Gratis en onbeperkt toegang tot het trainingsaanbod van onze online leeromgeving GoodHabitz.
  • Je pensioen wordt opgebouwd bij het ABP. VUmc draagt 70% van deze premie bij.
  • Wij vergoeden 75% van je OV reiskosten en bieden daarnaast een fietsregeling.
  • In eerste instantie bieden wij jou een jaarcontract, met uitzicht op een vast dienstverband.

Voor meer informatie over onze arbeidsvoorwaarden kijk op onze website.

Een screening kan onderdeel zijn van de selectieprocedure. Het aanvragen van een VOG (Verklaring Omtrent Gedrag) is voor iedere nieuwe medewerker verplicht. De aanvraag voor een VOG wordt door ons opgestart zodra jij daadwerkelijk zal worden aangesteld.
Klik hier voor meer informatie over de screeningsprocedure en of deze op jou van toepassing is.

Laten we kennismaken

Bel ons gerust!
Voor inhoudelijke informatie kun je contact opnemen met dr. Daoud Sie, hoofd Bioinformatica, via 020-444 2428.
Voor meer informatie over de sollicitatieprocedure kun je contact opnemen met Brend de Jong, corporate recruiter, via 020-444 8704.

Je kunt uiterlijk tot en met 8 juni 2020 solliciteren via de button.

Acquisitie naar aanleiding van deze vacature wordt niet op prijs gesteld.